Бывают ситуации, когда организация на момент уплаты первого авансового платежа по налогу на прибыль не имеет задолженности перед бюджетом, при этом ежемесячные авансовые платежи внутри квартала за два месяца она платит вовремя, а за третий месяц не платит вовсе. А по итогам отчетного периода сумма полученной прибыли оказывается меньше суммы уплаченных авансовых платежей.

Чтобы узнать, начисляются ли в этом случае пени на сумму недоплаченного аванса, Минфин рекомендует учитывать позицию Пленума Высшего Арбитражного Суда РФ. А его позиция заключается в том, что пени, начисленные за неуплату указанных авансовых платежей, подлежат соразмерному уменьшению, если сумма исчисленного налога оказалась меньше сумм авансовых платежей, подлежавших уплате в течение этого налогового периода ( Письмо Минфина от 19 января 2010 г. N 03-03-06/1/9). А пример такого расчета пеней Минфин привел в своем Письме от 22 января 2010 г. N 03-03-06/1/15.

Источник: Российский налоговый портал